坂根弦太 ようこそ 蝋燭 700-0005岡山市北区理大町1-1岡山理科大学理学部化学科准教授

坂根弦太(さかねげんた)(SAKANE, Genta)

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無機元素化学(坂根)研究室

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電子メールアドレス:gsakane[atmark]chem.ous.ac.jp  電話(ダイヤルイン): 坂根弦太
2016年日本化学会中国四国支部大会(香川大会)

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ツイート ネオンの2p軌道の重ね合わせ レントゲニウムの原子軌道

〜DV-Xα分子軌道計算と三次元
可視化システムVENUSについての情報〜

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マニュアル ・ 楽しい計算 ・ 自作プログラム ・ ギャラリー

※本情報はWindows XP以前の時代のDV-Xα + VENUS(VICS, VEND)に関するものです。
 Windows Vista, 7, 8, 8.1にも対応した最新のDV-Xα + VENUS(
VESTA)に関する情報は、
 こちら(DV-Xα法計算支援環境を構築するためのリンク集)をご参照ください。
Windows 8.1 タブレットPCでもお使いいただけます(Microsoft Surface Proで動作確認済)。


“DV-Xα法”については、【DV-Xα研究協会の公式ホームページ】まず最初にご覧ください。

“3D Visualization System VENUS”については、泉富士夫先生の【泉 富士夫の粉末回折情報館】まず最初にご覧ください。

“3D Visualization Program VESTA”については、門馬綱一先生の【JP-Minerals】必要に応じてご覧ください。

“DV-Xα法に関する最新情報”については、DV-Xα研究協会spd部会の【DV-Xα法に関するブログ】必要に応じてご覧ください。

“DV-Xα法やVENUSなどに関する四方山話”については、坂根の【坂根弦太のDV-Xα法&VENUS日誌】お時間がございましたらご覧ください。

DV-Xα研究協会SPD(戦略的プログラム開発推進)部会 d-orbital p-orbital s-orbital s-orbital DV-Xα研究協会(Society for Discrete Variational X alpha)
SPD(戦略的プログラム開発推進)部会
(Division of Strategic Program Development)


村松研・DV情報  早藤研 DV情報  石井研DV情報  eduDV取説

DV計算の実際  黄色い本FAQ  河合研 DV情報  理大DV講習会


【DV-Xα研究会】
16th(2003)・筑波  【18th(2005)・大岡山  【19th(2006)・済州  【20th(2007)・社  【21st(2008)・姫路
 【22nd(2009)・香川
 【23rd(2010)・韓国・大田市  【24th(2011)・静岡  【25th(2012)・福岡  【26th(2013)・京都
 【27th(2014)・名古屋  【28th(2015)・山形  【29th(2016)・東京

【その他学会・研究会・セミナー】
有機粉末・結晶構造解析研究会  【粉末回折ユーザーのための電子状態計算
【DV-Xα分子軌道計算講習会】
1st(1990/5/9-10)・社  【2nd(1990/11/19-20)・山梨  【3rd(1993/12/7-8)・大阪  【4th(1993/12/9-10)・京都
5th(1994/12/7-8)・大阪  【6th(1995/8/2)・福岡  【7th(1995/12/7-8)・大阪  【8th(1998/6/26-27)・京都
9th(1998/10/22)・京都  【10th(1999/3/12)・福岡  【11th(1999/11/1-2)・大阪  【12th(2000/7/7)・名古屋
13th(2000/12/12)・京都  【14th(2001/11/10)・東京  【15th(2001/11/26)・京都  【16th(2003/1/23)・香川
17th(2005/5/25)・名古屋  【18th(2005/12/7)・三田  【19th(2006/9/8)・岡山  【20th(2007/1/24)・東京
21st(2007/11/30)・仙台  【22nd(2008/1/24)・福岡  【23rd(2008/11/22)・神戸  【24th(2009/03/23)・福岡
 【25th(2010/3/13)・神戸  【26th(2010/11/27)・神戸  【27th(2013/11/2)・神戸  【28th(2014/11/22)・神戸
 【29th(2015/8/4)・山形

【DV-Xα夏の学校】
1st(2006/8/17-21)・岐阜pdf  【2nd(2007/8/23-27)・淡路pdf  【3rd(2008/8/18-22)・三田pdf
 【4th(2009/8/17-21)・光都  【5th(2010/8/17-21)・筑波  【6th(2011/9/4-8)・福岡
 【7th(2012/8/21-25)・八王子  【8th(2013/9/10-14)・八王子  【9th(2014/8/18-22)・京都

坂根DV-Xα&VENUS情報 ※このウェブページへのリンクは許諾不要です。
 左のバナーもご自由にお使いください。
 
http://www.chem.ous.ac.jp/%7Egsakane/index.html#DVXA

DV-Xα法でアメリシウム(Am)以降の元素を計算に含める際の原子軌道初期値ファイル
 〜c:\dvxa\data\nonrel を この nonrel に置き換えるだけ、ニホニウム(Nh)やオガネソン(Og)も計算できます〜
DV-Xα法で遷移状態等の計算をする際の電子の移動方法
 〜Slater Transition Stateの計算やイオン化エネルギーの計算をする場合など〜
John Clark Slater による原子半径
 〜DV-Xα計算でSCFS計算をする場合にR0値およびRIDO値として使っております。〜
 【参考】John Clark Slater 先生
教育用分子軌道計算システムeduDV
 〜会話形式で原子種と原子間距離・角度を入力するだけでDV-Xα計算ができます。プログラム一式がダウンロードできます。〜
教育用分子軌道計算システムeduDVを利用した電子についての基礎化学教育
 〜(社)私立大学情報教育協会 大学教育と情報(JUCE Journal) Vol. 18, No. 4, pp. 15-17 (2009). ISSN 1346-3772 〜
教育用分子軌道計算システムeduDVのデータ自動入力機能(Auto-eduDV機能)
 〜チュートリアル(ネオン原子, アルゴン原子, 水分子, ベンゼン分子, 六フッ化ウラン分子)〜
 【eduDV3.pdf】(8.15 MB) Adobe Acrobat Document (VESTA 3.x.x.x 対応版)
 【eduDV3.pps】(10.2 MB) Microsoft PowerPoint 97-2003 スライドショー (VESTA 3.x.x.x 対応版)
 【eduDV3.ppsx】(9.85 MB) Microsoft PowerPoint スライドショー (VESTA 3.x.x.x 対応版)
原子軌道(s軌道, p軌道, d軌道, f軌道)
 〜s, p, d, f軌道の高解像度ファイルがダウンロードできます(JPEG形式)〜
ウンウンオクチウム(118Uuo, Ununoctium)の5g軌道(空軌道)
 〜g軌道の高解像度ファイルがダウンロードできます(JPEG形式)〜
ウンウンオクチウム(118Uuo, Ununoctium)の6h軌道(空軌道)
 〜h軌道の高解像度ファイルがダウンロードできます(JPEG形式)〜
ウンウンオクチウム(118Uuo, Ununoctium)の7i軌道(空軌道)
 〜i軌道の高解像度ファイルがダウンロードできます(JPEG形式)〜
エタン(C2H6, ねじれ型, D3d対称)の分子軌道
 〜エタンの全分子軌道の画像ファイルがダウンロードできます(JPEG形式)〜
ベンゼン(C6H6, D6h対称)の分子軌道
 〜ベンゼンの全分子軌道の画像ファイルがダウンロードできます(JPEG形式)〜

タブエディタ(秀丸エディタ)上に構築されたDV-Xα法計算支援環境利用の手引き
 〜pdf文書(全176頁), 17.3 MB, 三次元可視化システムVENUSおよび教育用分子軌道計算システムeduDVに関する情報も含んでいます〜

DV-Xα法計算支援環境利用の手引き



※ DV-Xα法計算支援環境(Windowsパソコン)を構築するのに必要なソフトウェアは
以下のウェブサイトよりすべて入手できます。

(Windows 8.1, 7, Vista, XP 対応, 999原子種まで計算可, 周期表全元素(H〜Pu)対応)
(!!!使用許諾条件等はそれぞれのウェブサイトの指示に従ってください!!!)

1.DV-Xα法計算支援環境利用の手引き

2.DV-Xα分子軌道法プログラム本体

3.教育用分子軌道計算システムeduDV

4.秀丸エディタ(シェアウェア)

5.三次元可視化システムVESTA

6.構造ファイル変換ユーティリティOpen Babel

7.DV-Xα法計算支援環境(秀丸エディタマクロ集)

あとは1.の利用の手引き、もしくは7.に同梱されているReadme_DV.pdfを読みながら環境を構築してください。


英語と化学の学び方〜化学のアルファベット=元素記号の重要性〜
 〜外国語の学習と化学の学習の類似性について〜
周期律表(しゅうきりつひょう)”という言葉について
 周期律表(しゅうきりつひょう)周期表(しゅうきひょう)、どっちが正しい?!〜
化学用語としての周期表の今昔物語(講座:化学の大学入試問題を考えるための基本)
 化学と教育(Chemistry & Education), 58(4), 190-193(2010).

 〜プレビューをクリックすれば、全文が読めます(印刷, pdf保存可)〜
セオドア・グレイ氏(Mr. Theodore Wirth Gray)世界一美しい周期表(The Elements)(ポスター他)
 2002年イグ・ノーベル化学賞(2002 Ig Nobel Prize in Chemistry)受賞・周期表机(the Periodic Table Table)

バイルシュタイン試験によるハロゲンの検出
 〜塩素を含むラップと含まないラップ〜 (迫力ある実験結果写真)

錯体用・元素分析結果考察テーブル“ccCHNS”
 〜元素分析結果の考察に便利なエクセルファイル〜 (錯体のみならず、有機分子、有機金属分子、高分子、無機固体材料などでもお使いいただけます。)

光電子分光分析装置AXIS-HS テキスト整形プログラム“4to2”
 〜表計算ソフトでデータを読み込む際に便利なFortranプログラム〜

硫酸銅五水和物(CuSO4・5H2O, copper sulfate pentahydrate)の結晶構造(x-ray structure)
 〜銅原子に何が結合しているのか、一目瞭然です〜

ドデシル硫酸カルシウム(Poly[bis(μ3-dodecyl sulfato)calcium])の結晶構造(x-ray structure)
 〜CAS [4780-52-3], 金属石鹸の一種です〜

β-D-グロース(β-D-Gulose)の結晶構造(x-ray structure)
 〜CAS [4205-23-6], 六炭糖(単糖)の一種です〜

β-D,L-アロース(β-D,L-allose)の結晶構造(x-ray structure)
 〜CAS [6038-51-3](dl-allose), [2595-97-3](d-allose), [7635-11-2](l-allose), 六炭糖(単糖)の一種です〜

β-D,L-プシコース(β-D,L-psicose)の結晶構造(x-ray structure)
 〜CAS [23140-52-5](dl-psicose), 六炭糖(単糖)の一種です〜

8-アミノキノリンを原料としたシッフ塩基(HNAAQ)の結晶構造(x-ray structure)
 〜錯体を形成すると蛍光性錯体となる可能性の高い配位子。坂根が8-ヒドロキシキノリノラト錯体の研究を始めた頃、類似化合物である8-アミノキノリンを原料とする面白いシッフ塩基はないかと、当時研究していたカルミン酸に関する膨大な文献の中から、検索を数ヶ月間続けた結果、2003年7月15日に, Chongqiu Jiang, Jingzheng Wang, Fang He, "Spectrofluorimetric Determination of Trace Amounts of Molybdenum in Pig Liver and Mussels", Analytica Chimica Acta 439, 307-313 (2001)という分析化学分野の論文を発見、そこに掲載されていたシッフ塩基およびそのモリブデン錯体のX線構造が未決定であること、モリブデン錯体で蛍光を示す配位子は極めて珍しいこと、また当時、錯体化学分野としてはこのシッフ塩基の体系的な研究は未開拓であったことに目を付け、当時共に仕事をしていた学生さんと一緒に、私が英国留学(1999年度)で学んできたノウハウ(実験装置を含む)を土台に、独自に研究を開始した。〜

L-システインを配位子とする硫黄架橋複核モリブデン錯体と亜鉛アクア錯体が反応して得られた配位高分子の結晶構造(x-ray structure)
 〜水溶性潤滑剤としてL-システインを配位子とする硫黄架橋モリブデン錯体錯体の溶解度を上げようと研究をしていた際、特にリチウム塩が水への溶解度が高いことを見つけた。他にも入手可能な範囲でありとあらゆる対イオンを検討していて、亜鉛イオンを選択した際にこれは偶然見つかった新規構造。結局、対イオン(陽イオン)の違いによる硫黄架橋システイナトモリブデン複核錯体のX線構造の違いを明らかにするために、膨大な種類の結晶のX線構造を決定することを決心し、例えば2006年3月1日にナトリウム塩、2005年12月5日、2006年2月9日にカリウム塩、2006年2月5日にマグネシウム塩、2006年1月28日と4月22日にカルシウム塩、2006年1月30日と2月10日、3月4日、3月6日に亜鉛塩、2006年2月14日と2月22日にマンガン塩、2006年2月20日と3月15日に鉄塩、2006年2月16日と3月29日、3月31日にニッケル塩、2006年2月24日にコバルト塩などと、単結晶X線構造解析により一連の錯体のX線構造を精力的かつ体系的に調べ、対イオン(陽イオン)の影響によるシステイナトモリブデン複核錯体の結晶構造の多様性を発見した(実験データ:ppsファイル(2006年6月23日(金)-24日(土)兵庫教育大学で開催されたDV-Xα研究協会第3回戦略的プログラム開発推進部会にて坂根が講演発表(発表者名:坂根弦太)したスライドの抜粋))。〜

8-ヒドロキシキノリンを原料とした錯体の合成法
 〜アクア多核錯体を8-ヒドロキシキノリン(オキシン, 8-キノリノール)で有機溶媒に抽出して合成・結晶化する製造法の発見〜

潤滑剤及びそれを用いた機械又は装置【特許第4822176号】
 〜硫黄とモリブデンを含む錯体の溶解した水溶液からなる、潤滑性及び難燃性に優れた潤滑剤の発見〜
今日現在の化学物質の数(有機・無機物質バイオシーケンス)
 〜ケミカルアブストラクトサービスに登録された化学物質(有機・無機化合物、錯体、有機金属化合物、金属、合金、鉱物、元素、高分子、バイオシーケンス(遺伝子の塩基配列やポリペプチドやタンパク質のアミノ酸配列など)の総数(CAS登録番号(CAS Registry Number)が付与された化学物質の総数)〜
結晶学のオープンデータベース
 〜化学物質の結晶構造(原子座標データ)を調べることができます〜
無機材料データベース (AtomWork)
 〜無機材料の結晶構造、X線回折、特性、状態図に関するデータを収録したデータベースです〜
電子配置がよく分かる周期表(H〜Kr, コロラド大学)
 〜David's Whizzy Periodic Table〜
電子配置がよく分かる周期表(H〜Lr, コロラド大学)
 〜David's Whizzy Periodic Table〜
IUPACの周期表
 〜IUPAC(国際純正および応用化学連合)の周期表、最新版(2009年版)の原子量表へのリンクも張ってあります〜
公益社団法人日本化学会原子量専門委員会・命名法専門委員会・単位・記号専門委員会
 原子量表(2012年版)(PDF)へのリンクも張ってあります〜
元素周期表同好会
 〜メールマガジン「元素通信」を購読できます〜
こんなにある入手可能な周期表
 〜化学の世界のガイドマップを集めよう〜
塩素が含まれるもの調べ
 〜有機定性分析〜
穴埋め周期表
 情報科学科大西研究室開発・Flashによる化学周期表学習教材〜
 ※解説はこちらこちら
白周期表(はくしゅうきひょう)(Blank Periodic Table)
 白地図(はくちず)のように,何度でも書いて覚える周期表〜(pdfファイル, 107 KB)
 ※解説はこちら
化学を専門としない理系大学生の方々に覚えていただきたい元素40種・穴埋め白周期表(現代社会での生活で、身近に接する元素40選)
 白地図(はくちず)のように,何度でも書いて覚える周期表(40種類の元素限定)〜(pdfファイル, 101 KB)
 ※解説はこちら
中国語の周期表(Chinese Periodic Table)
 〜元素週期表(中文繁體)・元素周期表(中文簡体)〜(pdfファイル, 210 KB)
 ※解説はこちら
日本語の冗談周期表(Japanese Joke Periodic Table)
 〜元素周期表(日本語冗談体)〜(pdfファイル, 526 KB)
 ※解説はこちら
人生周期表(Lifetime Periodic Table)
 〜人生は周期表の如し〜(pdfファイル, 58.5 KB)
 ※解説はこちら
一日周期表(Daily Periodic Table)
 〜周期表的な1日の過ごし方〜(pdfファイル, 59.5 KB)
 ※解説はこちら
一年周期表(Yearly Periodic Table)(周期表カレンダー, The Periodic Table Calendar)
 〜周期表的な1年の過ごし方〜(pdfファイル, 129 KB)
 ※解説はこちら
日本語ひらがな周期表(Japanese Hiragana Periodic Table)
 〜げんそしゅうきひょう(ひらがな)〜(pdfファイル, 67.1 KB)
 ※解説はこちら
日本語カタカナ周期表(Japanese Katakana Periodic Table)
 〜ゲンソシュウキヒョウ(カタカナ)〜(pdfファイル, 65.2 KB)
 ※解説はこちら
日本語周期表(Japanese Periodic Table)
 〜元素周期表(日本語)〜(pdfファイル, 82.8 KB)
 ※解説はこちら
周期表 periodic table
 〜シンプルな周期表〜(pdfファイル, 53.5 KB)
 ※解説はこちら
 ※Wordファイル(Word2003)はこちら  ※Wordファイルの解説はこちら
fブロック元素(ランタノイドとアクチノイド)を特別扱いしない周期表
 〜横に長いけど欄外には誰も出されていない周期表〜(pdfファイル, 137 KB)
 ※解説はこちら
 ※Wordファイル(Word2010)はこちら  ※Wordファイルの解説はこちら
元素記号に用いられているアルファベット一覧表
 〜水素(1H)からコペルニシウム(112Cn), フレロビウム(114Fl), リバモリウム(116Lv)まで〜(pdfファイル, 225 KB)
 html版はこちら
 ※解説はこちら
元素名(日本語、英語)一覧
 〜水素(1H)からコペルニシウム(112Cn), フレロビウム(114Fl), リバモリウム(116Lv)まで〜(pdfファイル, 153 KB)
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薬置箱(やくちばこ)の作り方
 〜上皿天秤で大量の薬品を量りとるときに便利です〜(pdfファイル, 129 KB)
 ※解説はこちら

分子模型部品(ペーパークラフト)手の数が4本の原子(正四面体)
 〜部品を切り抜いて実線を谷折りし、4つの部品を糊かステップラーで合わせて一つの原子とする。
4つの頂点に爪楊枝を挿し、結合の手とする。爪楊枝は程よい摩擦で結合の手が回転するのが丁度良い。〜(pdfファイル,688 KB)

 ※解説はこちら
Organic chemistry reference resolver

Created by Oleksandr Zhurakovskyi



発行:(株)SAMA企画・販売:(株)文理・理科の探検(RikaTan)
※坂根は発行:(株)SAMA企画・販売:(株)文理の季刊誌『理科の探検(RikaTan)』の企画委員・編集委員です。


My Life Photographic Album

【1966年度以前・影も形もなく宇宙・地球上には存在しておらず、翌年度奇跡のようなあり得ない低確率の元に発生したようです】

1967年度・-1-0歳 1968年度・0-1歳 1969年度・1-2歳 1970年度・2-3歳 1971年度・3-4歳

1972年度・4-5歳 1973年度・5-6歳 1974年度・6-7歳 1975年度・7-8歳

1976年度・8-9歳 1977年度・9-10歳 1978年度・10-11歳 1979年度・11-12歳

1980年度・12-13歳 1981年度・13-14歳 1982年度・14-15歳 1983年度・15-16歳

1984年度・16-17歳 1985年度・17-18歳 1986年度・18-19歳 1987年度・19-20歳

1988年度・20-21歳 1989年度・21-22歳 1990年度・22-23歳 1991年度・23-24歳

1992年度・24-25歳 1993年度・25-26歳 1994年度・26-27歳 1995年度・27-28歳

1996年度・28-29歳 1997年度・29-30歳 1998年度・30-31歳 1999年度・31-32歳

2000年度・32-33歳 2001年度・33-34歳 2002年度・34-35歳 2003年度・35-36歳

2004年度・36-37歳 2005年度・37-38歳 2006年度・38-39歳 2007年度・39-40歳

2008年度・40-41歳 2009年度・41-42歳 2010年度・42-43歳 2011年度・43-44歳

2012年度・44-45歳 2013年度・45-46歳 2014年度・46-47歳 2015年度・47-48歳

2016年度・48-49歳 2017年度・49-50歳 2018年度・50-51歳 2019年度・51-52歳

2020年度・52-53歳 2021年度・53-54歳 2022年度・54-55歳 2023年度・55-56歳

2024年度・56-57歳 2025年度・57-58歳 2026年度・58-59歳 2027年度・59-60歳

2028年度・60-61歳 2029年度・61-62歳 2030年度・62-63歳 2031年度・63-64歳

2032年度・64-65歳 2033年度・65-66歳

【2034年度以降(見込み)・せっかくここまで山あり谷あり一歩一歩、頑張って歩んできた人生ですので、もしできることなら存在していたいですね】

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