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ニトリロ三酢酸を配位子とする
硫黄架橋混合金属サンドイッチキュバン型
カドミウムモリブデン七核錯体
(錯陰イオン)

[Cd{S4Mo3(Hnta)3}2]4-

nitrilotriacetic acid, H3nta = N(CH2COOH)3

Sulfur-Bridged Sandwich Cubane-Type
Molybdenum-Cadmium Cluster with Nitrilotriacetate Ligands

Nonspin, D3d


化学式:[Cd{S4Mo3(Hnta)3}2]4-[Animated GIF, 386 KB]
原子数:135
原子種数:17
軌道数:69
総電子数:1020
スピン分極:考慮に入れない計算(ノンスピン版SCAT)
MSCF:SCFS
サンプル点数:100000
F15ファイルサイズ:745 MB
10サイクルの計算時間:60 分 17 秒(Watcom Fortran 77 Version 11.0c)
対称軌道:D3d135

文献:

((1))Genta Sakane, Hideki Kawasaki, Takashi Oomori, Mikio Yamasaki, Hirohiko Adachi, and Takashi Shibahara; "Cubane-Type Molybdenum-Zinc or -Cadmium Mixed-Metal Clusters with Diethyldithiophosphate or Nitrilotriacetate Ligands", Journal of Cluster Science, 13(1), 75-102 (2002).


((2))Genta Sakane, Hideki Kawasaki, Mikio Yamasaki, Hirohiko Adachi, and Takashi Shibahara;
"Sulfur-Bridged Cubane-Type Molybdenum-Cadminium Clusters with Diethyldithiophosphato or Nitrilotriacetato Ligands",
Chemistry Letters, 631-632(1999).


((3))○Genta Sakane, Hideki Kawasaki, Mikio Yamasaki, Takashi Shibahara, and Hirohiko Adichi,
"Synthesis and Characterization of Cubane-Type Molybdenum-Cadmium Mixed-Metal Cluster",
Third Japan-China Joint Symposium on the Chemistry of Metal Cluster Complexes, Okazaki Conference Center, Institute for Molecular Science, Okazaki, October 4 (Sun), 1998,
Abstract, L6, (1998).


((4))○Genta Sakane, Takashi Shibahara, and Hirohiko Adachi,
"Electronic Structure of Sandwich Cubane-Type Cluster with Molybdenum-Cadmium-Sulfur(Mo3S4CdS4Mo3) Core",
Korea-Japan Discrete Variational X alpha Joint Symposium, 11th DV-X alpha Annual Meeting, Hoam Convention Center, Seoul National University, Korea, August 3-5, 1998,
DV-Xα研究協会会報(Bulletin of the Society for Discrete Variational Xα), 11 (1), A3, pp. 30-32 (1998).



contrd + VENUS で作画するのに必要なファイルは、まとめてこちらからダウンロードできます(zipで圧縮してあります)。
  → complex02.zip(f01,f09,f39,c04d,complex02.vcs) [download] 897 KB 2005.01.15

  ・contrd入力ファイル:c04d (ascii, 1 KB), f09 (binary, 403 KB), f39 (binary, 707 KB)

  ・VICS入力ファイル:f01 (ascii, 6 KB), c04d (ascii, 1 KB)

  ・VICS出力ファイル:complex02.vcs (ascii, 21 KB)

  ・VEND入力ファイル:contrd g [Enter]を実行することにより生成されます。



【F01】 ←クリックするとご覧いただけます【6 KB】
     ※dv2f01でF05より作成したF01です。

【F05】 ←クリックするとご覧いただけます【28 KB】
     ※単結晶X線構造解析で求めた原子間距離・角度より、錯陰イオン部分にD3d対称があるものと仮定して、Z-Matrixを組んで求めた座標を用い、手作りで作成したF05(SCAT計算が収束した後のF05)です。座標は最終的に、プログラムd3d1, d3d6, d3d12を使って完全にD3d対称となるように求めました。

【F25】 ←クリックするとご覧いただけます【117 KB】
     ※対称軌道作成プログラム“SymWave”で作成したF25(D3d対称、135原子17原子種用)です。
     ※SymWave: 井本英夫, DV-Xα研究協会会報(Bulletin of the Society for Discrete Variational Xα), 3, 21-1〜21-6 (1990).

【WAVNUM】 ←クリックするとご覧いただけます【19 KB】
     ※wavnumの出力結果です。分子軌道の番号の一覧です。

【c04d】 ←クリックするとご覧いただけます【1 KB】
     ※contrdの一般入力ファイルです。

【F08E】 ←クリックするとご覧いただけます【37 KB】
     ※計算結果(分子軌道のエネルギー準位一覧)です。

【F08E.prests】 ←クリックするとご覧いただけます【58 KB】
     ※prestsでF08Eより作成したF08E.prestsです。占有軌道と空軌道のエネルギー間隔の一覧です。

【F05MOLDA.XYZ】 ←クリックするとご覧いただけます【7 KB】
     ※dv2moldaでF05より作成したF05MOLDA.XYZです。Molda for Windowsで読み込むことができる座標ファイルです。

【F05C3D.INP】 ←クリックするとご覧いただけます【6 KB】
     ※dv2chem3dでF05より作成したF05C3D.INPです。Chem3Dで読み込むことができる座標ファイルです。

【F05.daph】 ←クリックするとご覧いただけます【8 KB】
     ※dv2daphでF05より作成したF05.daphです。結晶解析ユニバーサルプログラムシステム UNICS の DAPH で読み込むことができる座標ファイルです。
     ※UNICS: 桜井敏雄編, 日本結晶学会, (1967).
     ※DAPH: 芦田玉一編, 大阪大学大型計算機センター, (1973).

【F05.daph.out】 ←クリックするとご覧いただけます【39 KB】
     ※daphを起動し、F05.daphを読み込んで、原子間距離・角度を計算した結果出力ファイルです。
     ※DAPH: 芦田玉一, HITAC 5020E version, (1966).






【計算した錯体(錯陰イオン部分)の全景(棒球模型)】
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:136 KB,中上図:104 KB,右上図:134 KB】
【左下図:143 KB,中下図:141 KB,右下図:136 KB】







【電子密度の図】(Isosurface level: 0.02a0-3)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:177 KB,中上図:153 KB,右上図:213 KB】
【左下図:208 KB,中下図:176 KB,右下図:162 KB】







【静電ポテンシャルの図】(Isosurface level: +0.57 Ry, -0.57 Ry)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:148 KB,中上図:178 KB,右上図:208 KB】
【左下図:208 KB,中下図:197 KB,右下図:150 KB】







【等電子密度表面における静電ポテンシャルの図】
【The electrostatic potential painted charge density surface for [Cd{S4Mo3(Hnta)3}2]4-
(電子密度のIsosurface level: 0.03a0-3, 静電ポテンシャルのSurface Colorization Scale: 0.5)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 251 x 251 x 251
◎VENDでのSmoothing: does not apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:187 KB,中上図:181 KB,右上図:196 KB】
【左下図:206 KB,中下図:200 KB,右下図:179 KB】



[S size, Animated GIF, 111 KB]
[M size, Animated GIF, 1.44 MB]
[L size, Animated GIF, 3.22 MB]
等電子密度表面における静電ポテンシャルの図のGIFアニメーション
(※上の画像をクリックすると、GIFアニメーション画像をご覧いただけます)
ファイルサイズが大きいので、ご注意ください。





【 highest occupied molecular orbital, HOMO(最高被占分子軌道) = 64a1g軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:161 KB,中上図:167 KB,右上図:195 KB】
【左下図:200 KB,中下図:187 KB,右下図:150 KB】







【 HOMOの1つ下の二重縮退軌道 84eg軌道の1番目軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:161 KB,中上図:167 KB,右上図:190 KB】
【左下図:142 KB,中下図:135 KB,右下図:114 KB】





【 HOMOの1つ下の二重縮退軌道 84eg軌道の2番目軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:163 KB,中上図:151 KB,右上図:196 KB】
【左下図:198 KB,中下図:186 KB,右下図:153 KB】







【 HOMOの2つ下の二重縮退軌道 83eu軌道の1番目軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:163 KB,中上図:155 KB,右上図:202 KB】
【左下図:201 KB,中下図:187 KB,右下図:150 KB】





【 HOMOの2つ下の二重縮退軌道 83eu軌道の2番目軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:164 KB,中上図:165 KB,右上図:195 KB】
【左下図:198 KB,中下図:185 KB,右下図:152 KB】







【 lowest unoccupied molecular orbital, LUMO(最低空分子軌道) = 61a2u軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:162 KB,中上図:167 KB,右上図:197 KB】
【左下図:199 KB,中下図:186 KB,右下図:150 KB】







【 LUMOの1つ上の二重縮退軌道 84eu軌道の1番目軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:170 KB,中上図:152 KB,右上図:200 KB】
【左下図:195 KB,中下図:183 KB,右下図:158 KB】





【 LUMOの1つ上の二重縮退軌道 84eu軌道の2番目軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:169 KB,中上図:169 KB,右上図:193 KB】
【左下図:201 KB,中下図:186 KB,右下図:156 KB】







【 LUMOの2つ上の二重縮退軌道 85eg軌道の1番目軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:173 KB,中上図:168 KB,右上図:192 KB】
【左下図:201 KB,中下図:187 KB,右下図:159 KB】





【 LUMOの2つ上の二重縮退軌道 85eg軌道の2番目軌道の図】(Isosurface level: +0.001a0-3/2, -0.001a0-3/2)
◎contrdでのメッシュ数(c04dの1行目): 151 x 151 x 151
◎VENDでのSmoothing: apply
※図をクリックすると大きな画像をご覧いただけます
【左上図:177 KB,中上図:154 KB,右上図:203 KB】
【左下図:197 KB,中下図:184 KB,右下図:162 KB】


     ※DV-Xα+VENUSをこれから始めたい方は、こちらをご覧ください。

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